من أبرز معالم منهج البحث ما يلي:
أولًا: حصر واستقراء التطبيقات النبوية في كل مجال من المجالات الرئيسة، مثل مجال العبادات والمعاملات، للخروج بالقواعد التي تربطها، من حيث نوع الحكم وسماته، لتيسير مهمة المفتين، والفقهاء والباحثين في الأحكام الشرعية، ويتبع هذا بالتنبيه إلى الفرق الموجود بين حكم العمل المحذور، قبل وقوع العمل المحظور وبعده، فمن الملاحظ أن الأحكام التفصيلية التطبيقية هي تفاعل متقن بين الأحكام الثابتة والواقع المتعدد والمتغير وظروفه.
ثانيًا: التفريق بين الكتاب والسنة الموثقة المعصومة وبين اجتهادات العلماء غير المعصومة، فهناك فرق بين النص الموثق المنسوب إلى رب العالمين ونبيه الكريم، وبين فهم البشر لهذه النصوص، وهذه الحقيقة أكثر بروزًا بين نصوص الكتاب والسنة قطعية الثبوت والدلالة وبين اجتهادات العلماء.
ثالثًا: إعادة النظر في ترتيب العناصر الرئيسة للمنهج الذي كتبه العلماء في مجال أصول الفقه، وإعادة النظر في ترتيب أهمية العناصر المختلفة للمنهج، فمثلاً سيتم التفريق بين مصادر البحث الشرعي، وأدلته، وتنقيح وظيفة العقل في إثبات مصداقية مصادره، وفي وظيفته في الوصول إلى الفهم الصحيح لنصوص الكتاب والسنة، كما سيتم إعادة تصنيف المصطلحات، وتمييز الأساسية منها عن الثانوية، فمثلاً الأوامر والنواهي وما بينهما من الدرجات المتفاوتة، تتوسطهما المباحات نصًّا أو سكوتًا، هي مصطلحات أساسية، أما مصطلحات العام والخاص، والمطلق والمقيد والمجمل والمبين هي مصطلحات ثانوية.
رابعًا: التدقيق في تعاريف المصطلحات الرئيسة؛ مثل: العام والخاص، والمطلق والمقيد، والعرف والمصلحة المرسلة، والاستحسان، والاستصحاب، باستقراء كتب أصول الفقه واللغة عبر التاريخ.